Sorge ai piedi del Monte La Gallinola (1.923 m), seconda cima del Matese, massiccio che segna il confine tra la Campania e il Molise, a poca distanza dalla cima del Monte Miletto (2.050 m).
Versante Molisano del Massiccio del Matese.

L'abitato principale si trova a circa 480 metri sul livello del mare, al centro della piana omonima, dominato dalle alture di Civita (850 m) e del Monte Crocella (1.040 m). Numerose sono le frazioni per cui la popolazione di circa 8 000 abitanti risulta solo parzialmente concentrata nell'abitato principale, il quale raggiunge le 6 000 unità. Tra le frazioni segnalate tre hanno dimensione notevole: Monteverde, centro prevalentemente agricolo, costruito dagli abitanti di Bojano a seguito del terremoto del Molise del 1805 che rase al suolo la città (la chiesa parrocchiale è dedicata a Sant'Emidio, protettore dai terremoti; nei pressi anche il monastero di Santa Maria di Monteverde) nella piana in posizione più discosta dalle pendici del Matese, a nord di Bojano; Civita Superiore (già Rocca Bojano e Civita di Bojano), borgo normanno che si trova in montagna in posizione dominante rispetto all'abitato cittadino; Castellone, borgata anch'essa prevalentemente agricola a circa 4 km in direzione ovest rispetto a Bojano.

Il territorio comunale è ricchissimo di sorgenti, fra cui vanno segnalate in località Pietre Cadute quelle del fiume Biferno, il più lungo tra quelli con corso interamente in Molise, e di alcuni suoi affluenti, tra cui la Callora (torrente, con sorgenti in alta montagna) e il Calderari (sorgente in località Santa Maria dei Rivoli) che attraversa per un lungo tratto l'abitato prima di congiungersi appena al di fuori di esso con il Biferno. In località Alifana sono presenti piccoli laghi artificiali per la pesca sportiva.

Il territorio propriamente montuoso è coperto di vasti boschi, prevalentemente di castagno, faggio, quercia, cerro.